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Il Dipartimento di Sanità Pubblica e Malattie Infettive si trova all'interno della città universitaria. La sede si trova nell'edificio Sanarelli in prossimità dell'ingresso principale della Sapienza Università di Roma, in Piazzale Aldo Moro, 5.
Altre sedi di competenza del Dipartimento sono le sezioni di Malattie Infettive e di Medicina Interna, nonchè alcuni laboratori della sezione di Microbiologia, che si trovano all'interno del Policlinico Umberto I.